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内参基因选择

发布时间:2019-07-11 17:34 |  点击次数:

基因表达检测是一种常见的且不断更新应用的分子生物学检测,每天都有新的研究成果被发表。在癌症预后中,检测基因表达水平有助于准确的预后和确定最佳治疗方案。这些基因表达检测需要一个内参基因作为控制参数才能准确测量基因表达水平。目前,目的基因的表达水平是基于与内参基因的相对表达进行标准化的。这些内参基因需要在不同的组织中有一致地表达水平。由于看家基因(Housekeeping Gene)在维持细胞功能中的作用,它们总是在所有细胞和组织群中表达,因此看家基因是作为内参基因很好的选择。在理论上,看家基因极适合作为内参基因。

目前,最常用的内参基因是GAPDHβ-actin。大多数研究人员和实验室使用这些参考基因作为对照,并假设它们在组织间表达相同。这样的设想行得通吗?

首先,我们来看看GAPDH作为内参基因的表现。3-磷酸甘油醛脱氢酶是糖酵解过程中的一种反应酶,也在几乎所有的组织和细胞中均有表达。在糖酵解过程中起着不可或缺的作用,是细胞代谢途径中不可缺少的基因。一般来说,大多数科学家都赞同GAPDH在不同细胞群之间有标准化的表达。GAPDH作为标准内参考基因已在不同的基因表达检测中得到应用。一项研究分析了72个不同的人体组织中的GAPDH-mRNA,结果表明,GAPDH的表达水平在有的组织间差距高达15倍。尽管组织类型之间存在巨大差异,但年龄和性别之间没有观察到差异。这意味着GAPDH在不同人群的组织特异性试验中发挥了良好的作用,但在跨组织研究中却不起作用。

因此,在决定内参基因时,我们建议仔细考虑基于被研究组织类型的合适的内参基因。

意大利的实验室在这一方面做了比较透彻的研究。在对不同人体组织的样本进行了深入研究,最佳内参基因如下所示。

以上的表显示在所有组织中,最适合作为内参基因是以上的八种基因。

此外,这组的实验也找出了在不同人体组织中最适合作为内参的基因,结果在以下的表显示。







研究表明,不同的环境因素会影响收集数据的质量。从提取到快速冷冻所经过的时间,或者组织是否发炎,甚至组织采集对象的健康状况都会影响基因表达。不同的看家基因适合不同的实验,我们建议你不要只选择一个内参基因进行所有的基因表达检测,而是仔细考虑哪一个基因最适合你的需要。关于内参基因的信息在不断地更新,昨天找到的消息不一定是最准确的。我们XYbiotech (杏园)在努力寻找最新和最准确的资料。因此,我们建议,即使在选择了一个内参基因之后,对数据进行仔细的分析仍然是必要的。

希望我们的工作能为您选择用于PCR的内参基因提供帮助。文末附几篇关于内参基因的论文,仅供参考。



参考论文
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